Principales atractivos turístico de Puerto Maldonado [ˆarriba]
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 Colpa de Guacamayos de Colorado
A 150 km de la ciudad de Puerto Maldonado (8 horas en bote)
Se encuentra en la Reserva Nacional de Tambopata, a la margen izquierda del río Tambopata. Se le reconoce como la colpa más grande de la amazonía peruana. Allí acuden, todas las mañanas, cinco especies de guacamayos, loros y pericos. Las aves revolotean antes de picotear la arcilla del barranco y luego de 25 a 30 minutos, se van para volver al día siguiente. Ocasionalmente, acuden también sachavacas, ronsocos y ardillas; en las copas de los árboles se pueden ver varias especies de monos como el coto mono, capuchino, titi y ocasionalmente, maquisapas. Los científicos explican que este comportamiento se debe a que la arcilla los ayuda a contrarrestar las toxinas de los frutos sin madurar de los que se alimentan.
Lago Sandoval
A 5 km de la ciudad de Puerto Maldonado (40 minutos en bote), desde aquí se debe recorrer 3 km desde la orilla del río hasta el lago (1 hora, 30 minutos a pie)
Se ubica en la margen derecha del río Madre de Dios. Tiene 3 km de longitud aproximadamente, 1 km de ancho y una profundidad variable que va desde 0,50 cm a 3 metros. Las aguas del Lago Sandoval, con una temperatura promedio de 26ºC (78,8ºF), poseen una gran riqueza ictiológica. En los alrededores destacan unos extensos aguajales, es decir una zona pantanosa en la que crece el aguaje árbol del lugar junto con otros árboles exóticos. Entre la exótica flora circundante se observan orquídeas, platanillos, ungurahuis, lupunas, caobas y palmeras mauritias de 30 metros de alto.
En este entorno habitan una gran variedad de aves entre las que se encuentran patos silvestres, tucanes, guacamayos y una colorida especie de gallina salvaje con un moño de plumas en la cabeza llamada "hoacín" o "shansho". Además hay tapires, tortugas, nutrias o "lobos de río" y diversas especies de lagartos, como el lagarto negro.
 Lago Valencia
A 60 km de la ciudad de Puerto Maldonado (4 horas en bote)
Ubicado hacia la margen derecha del río Madre de Dios, es un lugar privilegiado en árboles y peces. Sus dimensiones alcanzan los 15 km de largo, 800 metros de ancho y una profundidad que va de 0,50 cm a los 15 metros.
Esta rodeado de árboles como el pumaquiro, la quinilla, el cedro, la lupuna, el palmito y la castaña. Entre la fauna destacan los pavos de monte, tortugas, lagartos, monos, patos, entre otros.
La riqueza de sus aguas permite a los nativos Huarayos y a un grupo de colonos asentados en las proximidades, dedicarse a la pesca de doncellas, palometas, dorados, pirañas y paiches, estos últimos, no son una especie nativa, fueron introducidos en el lago. Otra actividad económica importante en la zona es la recolección de castañas.
Parque Nacional Bahuaja-Sonene
A 90 km de la ciudad de Puerto Maldonado (5 horas en lancha)
Se estableció para proteger la única sabana húmeda tropical existente en el Perú. El Parque Nacional Bahuaja Sonene se ubica entre los departamentos de Madre de Dios y Puno, en las provincias de Tambopata, Carabaya y Sandia.
Tiene una extensión de 1 091 416 hectáreas y continúa hacia la República de Bolivia. Entre los animales más importantes de la zona destacan el lobo de crin, el ciervo de los pantanos, el oso hormiguero gigante, el lobo de río o nutria gigante, el perro de monte, el lagarto negro y el águila harpía.
 Reserva Nacional de Tambopata
A 37 km de la ciudad de Puerto Maldonado (2 horas, 30 minutos en auto doble tracción aprox.) hasta la comunidad de Infierno, desde aquí se recorre 18 km hasta la reserva (4 horas a pie). La otra forma de llegar es recorriendo 45 km desde la ciudad de Puerto Maldonado (2 horas en bote)
La reserva, ubicada entre las cuencas del río Tambopata y del río Heath, tiene una extensión de 1 073 998,25 hectáreas que, como el Parque Nacional Bahuaja - Sonene, abarcan territorio del departamento de Madre de Dios y del departamento Puno. Esta reserva es un tesoro en lo que se refiere a diversidad biológica, allí se han registrado 575 especies de aves, 1200 de mariposas, 103 de libélulas, 135 de hormigas arbóreas y 103 de mamíferos. Su vegetación es representativa de la flora tropical.Para el ingreso se necesita de la autorización previa del INRENA.
 Parque Nacional del Manu
Se recorren 280 km desde la ciudad de Cusco por la Carretera Cusco-Paucartambo (12 horas en auto doble tracción aprox.), se llega hasta la localidad de Atalaya, desde allí se continua por río hasta la localidad de Boca Manu (12 horas en bote), para entrar nuevamente por el río Madre de Dios hasta el parque. También es posible llegar a la localidad de Boca Manu en avioneta desde la ciudad del Cusco (30 minutos) desde allí se sigue la ruta descrita anteriormente.
Se ubica en los departamentos de Cusco y Madre de Dios, tiene una extensión de 1 532 806 hectáreas (la totalidad de la cuenca del río Manu). El Parque Nacional de Manu, junto con la Zona Reservada y la Zona Cultural del Manu constituyen la llamada Reserva de Biosfera del Manu, reconocida por la UNESCO en 1987 como Patrimonio Natural de la Humanidad.
Las visitas no están permitidas, sin embargo, los visitantes pueden acceder a varios albergues autorizados en la Zona Reservada y la Zona Cultural adyacentes al parque.
En este parque se ha registrado gran diversidad de especies animales: más de 800 especies de aves como el águila harpía, el jabiru, el ganso selvático, el gallito de las rocas y el espátula rosada; 200 especies de mamíferos como el mono choro común, el maquisapa negro, el lobo de río, el jaguar, el tigrillo, el oso de anteojos, la taruca y más de 100 especies de murciélagos.
En Manu, se pueden ver árboles que sobrepasan los 45 metros de altura y 3 metros de diámetro, las especies más características: el cetico, la topa, el cedro, el tornillo, la lupuna blanca y la mata palo.
El Parque Nacional del Manu está habitado en la actualidad por 30 comunidades campesinas de lengua quechua, y varias poblaciones nativas amazónicas como los Machiguenga, Amahuaca, Yaminahua, Piro, Amarakaeri, Huashipari y Nahua
 Zona Reservada Tambopata-Candamo y Parque Nacional Candamo
La zona reservada fue establecida el 26 de enero de 1990. Se
encuentra en las selvas de Puno y Madre de Dios, a 850 metros sobre el nivel del mar, entre las cuencas de los ríos Tambopata y Heath. Se tiene acceso a ella por lancha desde Puerto Maldonado (Madre de Dios) y el viaje puede demorar hasta una semana. Tambopata-Candamo es uno de los mayores escenarios naturales del planeta por sus zonas intangibles y también por haber quebrado récords mundiales con respecto al mayor número de especies: 120 de mamíferos, 545 de aves, 1 100 de mariposas, 135 de hormigas y 94 de peces.
 Habitada en parte por la etnia Ese’eja, la zona alberga especies de fauna aún no registradas por la ciencia. Entre las más conocidas figuran nutrias de río, venados, jaguares, rayas de río, camaleones, serpientes, lagartos, perezosos, huanganas, sajinos, tapires, tigrillos, osos de anteojos, águilas harpía y guacamayos. En septiembre del año 2000, el Estado peruano decidió establecer la zona reservada de Candamo como parque nacional para proteger la mayor biodiversidad del planeta, pues alberga más de 660 especies vertebradas y 426 especies de aves, entre otras formas de flora y fauna. Se necesita la autorización del INRENA para ingresar. La época recomendada es de abril a octubre. Uno de sus propulsores es el ecologista Daniel Winitzky.
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Existen indicios de presencia de seres humanos antes de la conquista del Imperio Incaico. Se han encontrado petroglifos en los ríos Palotoa-Shinkebenia y Urubamba. En la Cordillera de Pantiacolla, en las cabeceras de Madre de Dios, también se encuentran petroglifos y restos antiguos.